No Algarve pode observar-se pelo menos 16 espécies de morcegos, a maioria pertencente à familia Vespertilionidae.
Todos os morcegos são residentes, apesar de alguns poderem realizar migrações em busca de alimento, parceiro ou na formação de grupos durante a época de criação.

Os morcegos são talvez dos animais mais temidos pelos humanos graças à fantasia que a eles associamos. No Algarve a maior espécie conhecida possui apenas dez centímetros de comprimento. Os morcegos algarvios são de tal modo pequenos, que por vezes as pessoas tendem a confundir adultos com pequenas crias. Quanto à perigosidade, os morcegos não são perigosos e ainda nos ajudam a diminuir o número de picadas de mosquito. Os nossos morcegos são noctívagos ou crepusculares. Todos saem para caçar insectos, não existindo nenhum morcego estritamente carnívoro, frugívoro ou que consuma sangue. O resto do tempo é passado nos seus abrigos, os quais podem ser grutas, edifícios antigos, locais com pequenas fissuras ou cavidades de árvores. O conhecimento acerca dos morcegos que existem no nosso país é ainda bastante insuficiente, à excepção do que se direcciona para as espécies que preferem abrigar-se em grandes cavidades (p.e. grutas) mais fáceis de localizar e estudar.
O estado das populações de morcegos no Algarve tem vindo a piorar ao longo dos anos, graças à perseguição e à perda de locais de alimentação e de abrigo Os morcegos precisam de locais de alimentação com muitos insectos, podendo ingerir por dia metade do seu peso em insectos. Não se conhece ainda a importância relativa de cada tipo de biótipo para a alimentação dos morcegos. No entanto, é comum observar grande diversidade de morcegos a alimentarem- se em linhas de água, charcos temporários, florestas de folhosas ou pinhais, pelo que a destruição desses biótopos deixa as populações de morcegos vulneráveis.
Uma das acções mais recentes para proteger os morcegos é o gradeamento das entradas das grutas (limita a entrada de pessoas). Isto é consequência da contínua perturbação e vandalismo destes locais. É possível observar, por exemplo, nas entradas destas grutas, pedaços de estalactites e estalagmites partidas por pessoas iludidas pela beleza das rochas dada pela luminosidade no interior das grutas. Apesar da maioria das grutas estarem longe dos centros urbanos, além do que foi mencionado anteriormente, observam-se também riscos e pinturas nas mesmas.