Numa região como o Algarve, em que literalmente todos os dias são apresentados ou anunciados novos projectos de ocupação do território, não admira que grande parte do tempo de uma organização ecologista como a Almargem seja dedicada às questões do ordenamento e da conservação da natureza. Daí o peso desta área nas actividades associativas, mobilizando parte substancial dos seus escassos meios humanos e financeiros para tarefas que, ainda por cima, implicam amiúde uma exposição pública que nem todos estão dispostos a enfrentar.

Entre as muitas actividades desenvolvidas incluem-se o desenvolvimento de projectos e estudos com vista à valorização e divulgação dos valores mais significativos do património natural (flora, fauna e habitats) da região, com destaque para as áreas protegidas e áreas da Rede Natura 2000. Desenvolve também acções de acompanhamento da situação destas áreas e elaboração/revisão dos seus planos de gestão/ordenamento, para além de identificar e denunciar atentados e ameaças ecológicas que afectem o ambiente do Algarve.

São ainda desenvolvidas acções de acompanhamento da elaboração/revisão de planos de gestão/ordenamento (Planos Directores Municipais - PDM, Planos Municipais de Ordenamento - PMOT, Planos de Ordenamento de Áreas Protegidas - POAP, Planos de Ordenamento da Orla Costeira – POOC, entre outros). Elaboração de pareceres, comunicados de imprensa, visitas guiadas, entrevistas, são algumas das acções habitualmente realizadas.