A protecção de espaços naturais, a conservação de habitats prioritários e da biodiversidade têm sido uma das preocupações centrais da Almargem ao longo dos anos.

Desenvolvemos inicialmente esforços no sentido da criação de pequenas áreas protegidas no concelho de Loulé, o que se traduziu pelo aparecimento dos Sítios Classificados da Rocha da Pena e da Fonte Benémola, neste último caso com base num estudo efectuado pela Almargem e premiado em 1988 a nível nacional.

Quando da discussão pública da lista de sítios a integrar a futura Rede Natura 2000, apresentámos diversas propostas fundamentadas, algumas das quais, felizmente, foram bem acolhidas.

Várias campanhas públicas visando a protecção de espécies e espaços naturais pouco conhecidos contaram com a colaboração e o protagonismo da Almargem, nomeadamente a defesa de pequenas zonas húmidas litorais (Lagoa dos Salgados, Caniçal de Vilamoura, Foz do Almargem) e de espécies em perigo (alcar-do-Algarve, diabelha-algarvia, carvalho-de-Monchique).

Os Anfíbios e os Morcegos Cavernícolas têm também sido alvo de iniciativas diversas, nomeadamente integradas em dias comemorativos internacionais (Save the Frogs Day, European Bat Night), para além da apresentação de propostas concretas de conservação e a sensibilização  pública para a importância destes animais.

Em termos de divulgação da biodiversidade, dezenas de folhetos e pequenas brochuras têm sido publicadas, tendo sobretudo como destino principal a população escolar da região. Neste âmbito, foi também criado o projecto Madressilva, com o objectivo inicial de editar uma revista em papel (que vai já na 18ª edição) e, posteriormente, diversos materiais com suporte digital (Almanaque da Natureza, Biodossiers, Vida Selvagem Mundial).

A candidatura a apoios institucionais permitiu à Almargem desenvolver projectos de investigação de maior dimensão como a Caracterização Biofísica do Vale da Asseca (Tavira), co-financiado pelo Programa Ciência Viva, a Monitorização da Avifauna e Vegetação da Lagoa dos Salgados (Albufeira/Silves), financiada pela empresa Águas do Algarve, ou a criação do website temático Biodiversidade a Seus Pés, financiado pelo Programa Rede Rural Nacional.

Durante vários anos, a Almargem, procurou recriar no Algarve o conceituado evento de origem francesa Fête de la Nature (Festival da Natureza), que contou com várias edições, mas foi provisoriamente descontinuado em face da falta de meios financeiros e humanos.

Posteriormente, a Almargem, em colaboração com a SPEA e o apoio do Município de Vila do Bispo, tem vindo a concentrar-se na organização do Festival de Observação de Aves de Sagres, o maior evento de birdwatching do nosso país.