A área de Educação Ambiental da Almargem surge da convicção desta associação de que a temática ambiental, sendo uma área transversal e pluridisciplinar, é uma área que deve ser incentivada e introduzida nas diferentes áreas curriculares em todos os níveis de ensino. Como tal, dedicamo-nos essencialmente ao desenvolvimento de projetos de Educação Ambiental, nos quais se incluem:

• O Centro Ambiental da Pena e de Loulé (parceira desde 1992 com a C.M.Loulé)  – espaço por excelência onde se desenvolvem atividades regulares com escolas e outras instituições similares;
• A organização anual do Encontro Regional de Educação Ambiental do Algarve;
• A tradução e divulgação dos materiais da Convenção de Ramsar e a realização de atividades anuais comemorativas do Dia Mundial das Zonas Húmidas;
• Apoio e criação de projetos de educação ambiental e divulgação cientifica como A Água no Algarve, INFORSE-Europe, CoastWatch e Monitorização de macroinvertebrados bentónicos.
• O desenvolvimento de atividades e/ou palestras sobre as mais variadas temáticas ambientais nas escolas da Região, ou a pedido de outras entidades, tais como Municípios ou empresas.

Em termos de Educação Ambiental, a Almargem vem desenvolvendo diversas actividades, nomeadamente actividades de descoberta do ambiente, palestras, exposições, ateliers de reciclagem de papel, reutilização de materiais e oficinas de Eco-Arte, entre outras. Os tópicos abordados incidem habitualmente nas temáticas, Fauna, Flora, Floresta, Energias, Resíduos Sólidos Urbanos, Água, Oceanos e Agricultura Biológica, entre outros.